说到“京剧”与“西皮”“二黄”，就要从戏曲声腔学上开始谈。
戏曲，既是戏剧的艺术，又是音乐的艺术。其音乐性，主要体现在戏曲声腔系统上。
目前学界公认的中国传统戏曲的声腔体系可以分为两大类：一者曰“板腔变化体”、一者曰“曲牌连套体”，两者分别简称为“板腔体”和“曲牌体”。
板腔体，板者，即板式，说的是节奏，腔者，为腔调曲调，说的是旋律。提问者所谓之“西皮”、“二黄”，其实说的是旋律，也就是腔调。而京剧板式也很丰富，如原板、快板、流水板、二八板等等，但与皮黄不是一回事，不可混为一谈。其他回答中说皮黄是京剧板式，是混淆了戏曲音乐的节奏、旋律两个部分。
说回到皮黄，有回答已经说明了这两个名字的由来，在此不赘述，不过要说明一点，两个名词的来历与流变并无学界公论，尚属于悬而未定的“公案”，但我们可以说，目前其他回答中的说法是相对较为主流的说法。
西皮与二黄，是京剧音乐中最为主流的旋律样式，可以说百分之九十的戏曲音乐都属于这套声腔系统。因此京剧诞生之初，“皮黄”便是其代称。
皮黄声腔体系属于板腔体，那么必然与以昆曲为代表的曲牌体不相同，这两者基本上泾渭分明。
区别有多大呢？举个不恰当的例子——
从文学角度看，曲牌即词牌，其实是一个事物的两面，从文学角度看的词牌，其实都是可以演唱的，进入音乐、戏曲领域便称曲牌。所以，曲牌体戏曲声腔就比较好理解。（这也十分恰当）文学角度看，曲牌有长短句。
再看板腔，这类声腔填词多为上下句，字数相对统一，少有长短句出现（不是完全没有，戏曲填词富于变化，有衬字、拖腔等处理手法在此不提）。这类似于什么？类似于乐府诗或者律诗，更像乐府诗、古体诗一点，因为律诗格律未免太过严格了。
当然这个比喻并不恰当，因为古体诗也好、格律诗也罢，通常被认为比词的格律更为严格，而在戏曲上通常默认曲牌体剧种（声腔）其填词难度更高、文学性更强，反之则是板腔体填词更加随意、通俗一些，文学性也略弱。两者正好相反。所以这种类比仅供参考。
不知道是否说明白了，缺什么以后再补充。
