
使用我自己的数据进行了验证,并且查看了水稻用的转录组数据,发现用的是普通转录组数据,不具有代表性,并且在文中发现了错误,使用的部分水稻数据为籼稻 Oryza sative ssp. indica ,但是在其中标注的粳稻 Oryza sative ssp. japonica。因此使用此数据库还是要有自己的判断力,还是具有一定的局限性,我自己分析的几个水稻lncRNA在其中只有一个lncRNA的部分序列能比对上,可能是所用的数据库不同,或者是在特定条件下特异性表达的原因,不过这个数据库用来查看一些基因的信息还是很有用的。
图2:LncPheDB的数据库内容和功能
[^1]: 【查看了水稻用的转录组数据,发现用的是普通转录组数据,不具有代表性,并且在文中发现了错误,使用的部分水稻数据为籼稻 Oryza sative ssp. indica ,但是在其中标注的粳稻 Oryza sative ssp. japonica。】
[^2]: 有必要手动收集所有经实验验证的功能性lncRNA(EVlncRNA)及其序列、结构和功能,并在中央数据库中进行注释。使用2016年5月1日之前的文献首次发布了此类数据库(EVLncRNAs)。此后(截至2020年5月15日),已发表了19 245篇与lncRNA相关的文章。在EVLncRNAs 2.0中,对这些文章进行了人工检查,以扩大收集的数据。具体而言,注释的EVlncRNA、相关疾病、lncRNA疾病关联和相互作用记录的数量分别增加了260%、320%、484%和537%。此外,该数据库还增加了几个新的类别:8个lncRNA结构、33个外体lncRNA、188个环状RNA和1079个耐药、耐化学和耐应激lncRNA。所有记录都已检查过已知的撤回和假冒物品。此次发布还附带了一个高度互动的视觉交互网络,方便用户跟踪lncRNA、miRNA、蛋白质、基因和其他功能元件之间的潜在关系。此外,它还提供了四个新的生物信息学工具的链接,这些工具具有改进的数据浏览和搜索功能
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