塞尔柱的来源，俺这个回答有说明：古代突厥和现代土耳其是什么关系？ - 知乎
而塞尔柱和喀喇汗有什么关系呢？
十分亲密的关系。
从塞尔柱王朝开始走建国路线后，塞尔柱人就和被伽色尼王朝虐成狗的喀喇汗王朝结盟了，而且世代通婚。
当伽色尼王朝已经被打成糊糊，塞尔柱王朝称为伊斯兰世界霸主后，就对喀喇汗王朝这个老亲家下手了。到了塞尔柱苏丹马立克沙的时代，塞尔柱帝国已经征服了西喀喇汗，西喀喇汗的可汗已经沦为傀儡了。
而西辽呢，刚在新疆立足，在东喀喇汗和高昌回鹘的国土上新建国家后，整整四年没有向西进攻，维持的领土略似清朝中国西部边疆。似乎是不想跟塞尔柱这样的强敌作战。
塞尔柱在同时，也满足于控制西喀喇汗所属的河中地区，也似乎没有东进的动作。
然而就在这个时候，西喀喇汗境内的葛逻禄人造反，并通过已经臣服西辽的东喀喇汗的葛逻禄人联系上了西辽皇帝耶律大石。而西喀喇汗的傀儡可汗马赫穆德也请求塞尔柱苏丹桑贾尔出兵镇压葛逻禄人。桑贾尔集结了大量兵力进入河中，耶律大石就写信给他，要求不要为难葛逻禄人。结果桑贾尔苏丹非常傲慢，处心积虑已久的西辽终于名正言顺地发兵西征了。
然后就这样了：
此战之后，河中被西辽夺取。塞尔柱帝国精锐尽丧，国势一落千丈，花剌子模率先谋反，塞尔柱苏丹的老乡们、游牧的乌古斯人（即土库曼人）勾结古尔王朝谋反、桑贾尔苏丹在勉强压服花剌子模后，又疲于奔命地去镇压乌古斯人造反，累成了狗。
结果，桑贾尔苏丹再次翻车，在梅尔夫城惨败于老乡乌古斯游牧人之后，沦为战俘。然后，野蛮的老乡们将桑贾尔苏丹白天放在王座上，晚上锁在铁笼子里，玩过家家式的朝政游戏。就这么被乌古斯的老乡们玩弄了三年。
而这个时候，塞尔柱各地的领主们不得不共同推举西喀喇汗的傀儡可汗马赫穆德为塞尔柱苏丹，因为他血统高贵、德高望重，外加他妈就是桑贾尔苏丹的妹妹，其实最重要的原因是……他习惯了当傀儡，好控制。
这关系好吧，西喀喇汗的亡国可汗，莫名其妙就成了塞尔柱的苏丹……
最后，70岁的桑贾尔苏丹买通了几个乌古斯老乡，逃出了老乡们的过家家朝堂。看到马赫穆德已经成了苏丹，他无奈地病死在了梅尔夫城，并承认马赫穆德继承塞尔柱苏丹之位。
而马赫穆德也好不到哪里去……
呼罗珊的领主艾阿巴越看马赫穆德越不顺眼，于是下令挖了马赫穆德的眼睛，囚禁了起来……自此，塞尔柱帝国覆灭。
而塞尔柱还有苏丹，就是以前塞尔柱分裂时的西支苏丹，统治伊朗西南和伊拉克一带。在桑贾尔还比较牛逼的时候，这一系的苏丹基本和桑贾尔处于共治局面，势力弱于桑贾尔。所以有时候，桑贾尔这一支被称为大塞尔柱帝国。
在四十年后，西支苏丹为花剌子模帝国消灭。塞尔柱帝国从此成为历史名词。
