
感谢
的邀请。
今天晚上要去动物房看看SCID长得如何,不排除要杀一两只来看看感染,所以先作Mark, 晚点时间再来补充。
1.RNA链作为引物的情况
1953年的DNA分子双螺旋结构提出来以后, 当时大家就思考着DNA要如何复制本身。
有过高中学习经历都知道一个半保留复制,也就是DNA双链在复制时会打开,各自为模版进行复制,得到的新的DNA双链中,一条来自母链,一条是新链。
随后的发展就是研究清楚DNA复制的分子细节,就是有哪些酶参与,有哪些事件发生。
发现的DNA聚合酶的一个特性就是不能从头合成,要先有一段,再接着合成。
这一个从头的一段是从哪里来的? 结果是又发现有一种酶,称之为primase(合成primer的酶),它一开始与复制起始复合体结合,会产生一条10-13nt长的RNA链,而这条链就是会产生一个3'-OH来,让DNA聚合酶开始合成。而在复制过程中,RNA引物在利用完后会被酶切除。
问题出现了,DNA聚合酶(就是用于合成DNA的酶)不能从头合成一段DNA,那根据上面所说,RNA聚合酶(就是用于合成RNA的酶)就能从头合成一段RNA了?
嗯,就是这样!生物中就是有各种各样的没有规律。
对于一些负链RNA病毒,也是会利用此类机制,生成DNA。
2.PCR反应中,以DNA链来作为引物。
PCR反应中,根据要扩增的片断信息,要提供上下游的引物。
这个引物一般是一些公司合成的,长度在20nt左右。
3.以上两个区别:
RNA引物是在体内使用,序列不固定,长度10nt左右,利用完就删除。
DNA引物是在体外使用,序列固定(根据扩增片断所确定),长度20nt左右。
4.设计引物是一项基本的技能,有好多软件实现。
我在本科时很喜欢这些东西,钻研了不少,但是在实践工作中,这些不太有用。
我现在的工作思路:
要测量一个基因的表达,去文献中查找相关的引物信息,多找几个,在primerblast中比对下。
再合成几对来做测试。
这比自己用软件合成要有道理得多,因为这是从鱼缸里钓鱼,而软件是从湖里钓鱼。
