如果是本科的话，几乎没有区别，最多就是几门专业课不一样。
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题主补充了是研究生，其实对于研究生来说也差不多。
应用也要学理论，理论的实践就是应用，其实没有太多区别。
计算机体系结构，计算机软件与理论，计算机应用技术这三大方向中，搞应用的人应该是最多的，具体可以参考下 ccf的期刊会议分级。应用方向的会议期刊从种类和数量上都远超前面二者。但这不意味着研究理论就不能投稿应用。所以区别不大。
ps. 个人认为研究生应该考虑下学校的实验室和老师主要从事什么方向，以及你的爱好偏向。比如你们有大数据实验室，就可以考虑学应用。你们的某个教授是编译器大牛，就可以考虑搞理论。
