原因上面大概楼主都说了。
我对于京剧不怎么了解，但是感受中国现代戏剧历史的时候发现的男女角色规律说一下。
其实在清朝之前是有女性演员这个说法的，明朝就有所谓的教坊，很多犯了罪的人的妻女要到教坊去当演员。不过那会儿男演员地位很低（明代的时候男演员是要“戴绿帽子”的，是真的绿帽子或者绿头巾，由后来这引申成为了一段骂人的话你就知道多么低下了），女演员地位更低（比如戏院的客人要毛手毛脚啊什么的）。
清朝之后这个情况更严重了，顺治的时候，规定男女不能同台演出，到清末的时候更厉害了，女性不能抛头露面，连大门基本都不能出了，更别说登台了。
所以民国时期有四大名旦（应该是最后一代只有男旦时候的男旦了）的说法，不过四大名旦之后就有女旦了。
这个遗毒哪怕到了民国时期新文化运动之后的现代话剧依旧没有改变。比如李叔同（就是很出名的那个弘一法师），李健吾，周恩来（没错，就是周总理，他在当时的南开剧社的时候因为人长的帅也就是清秀所以都是反串女性角色的）等人都是男性反串女性角色的。
至于所谓的男旦唱功更佳，我觉得开始刚开始推行男旦的时候要么没有要么就是一种自我安慰的借口。但到了后来女旦可以出现之后大家的观点就像用习惯了XP(感觉我用这个比喻很猥琐)的用户,对于微软新优化过的win7感到一股子的惯性，纷纷表示还是男旦好（XP好）。
抛砖引玉希望出现更好的答案。
